지구의 운명을 건 전설의 베이가 격돌한다!

방학을 맞이하여 열리는 베이 블레이드 대회에 참가한 강타와 친구들. 결승전을 앞두고 대결을 시작하려는 순간 갑자기 무시무시한 파워가 경기장을 한바탕 휩쓸어 아수라장으로 만든다. 연기 속에서 나타난 한 소년은 자기를 헬리오스라고 밝히고, 잃어버린 세계 아틀란티스를 부활시키고 조상들을 대신해 복수를 하러 왔다고 말한다. 강타의 베이 페가시스를 본 헬리오스는 어째서인지 강타에게 도전한다. 화가 난 강타는 헬리오스와 겨루지만 어마어마한 파워에 밀려 지고 만다. 강타의 아버지 유성이 조사해 본 결과, 하루 아침에 멸망하고 만 전설의 고대문명 아틀란티스는 신비의 물질 오리하르콘을 이용해 지금의 베이와 같은 도구를 사용했다는 놀라운 사실을 알게 된다. 팽이 마을에서 전해지는 전설과 너무나도 닮아있는 고대 도구. 그것이 바로 헬리오스의 베이 솔블레이즈다. 강타는 헬리오스와 솔블레이즈를 막아 지구를 구하겠다며 친구들과 함께 헬리오스가 있는 아지트로 향한다. 그 곳에서 헬리오스와 다시 한번 대결하게 된 강타. 이번에는 강타의 페가시스가 승리한다. 실망한 헬리오스. 그러나 헬리오스와 함께 온 바킴은 페가시스의 전력을 끌어내기만 한다면 승패는 상관없다는 충격적인 말을 한다. 페가시스의 힘을 이용해 자기만의 세계를 건설하려는 야망을 드러내는 바킴. 헬리오스는 그동안 바킴에게 이용당했다는 사실을 깨닫고 괴로워하다. 이제 바킴의 음모를 막기 위해 강타와 헬리오스가 힘을 합친다.